校長辦公室（檔案館、法律事務辦公室、信訪辦公室挂靠）- 人事處（人才工程辦公室、人才交流中心、教職工發展中心挂靠）
- 教務處（招生辦公室、卓越學院、教師教學發展中心、師範教育中心挂靠）
- 科學技術處（重大科技項目與成果辦公室、鎮江工程技術研究院、學術委員會秘書處挂靠）
- 社會科學處
- 研究生院（學科建設办公室挂靠）
- 國際合作與交流處（港澳台事務辦公室合署；留學服務中心挂靠）
- 學生工作處（學生就業指導與服務中心、心理健康教育中心、創新創業學院辦公室、“三全育人”創新發展中心辦公室挂靠）
- 規劃發展處（教育教學研究與評估中心合署）
- 校友會與對外聯絡辦公室
- 財務處
- 審計處
- 信息化處（信息化中心合署）
- 實驗室與設備管理處（分析測試中心、實驗動物中心挂靠）
- 國有資産管理處（資産經營管理有限公司合署）
- 基建處
- 後勤管理處（後勤服務集團合署）
- 安全保衛處
- 退休教職工管理處
- 采購與招標辦公室
